DNAメチレーション解析
● メチル化DNA濃縮からデータ解析までのトータルサポート
細胞・組織より、メチル化DNA濃縮してデータ解析まで一連のサービス/サポートをご提供致します。
● アレイ/プラットフォーム
Genomictree社(Agilent Certified Service Provider)によるアジレント社高品質マイクロアレイ &
ラットフォームを使用して信頼性の高いデータを提供致します。
● 充実した解析データ
メチル化DNA濃縮データ、生データ & 正規化データ、スキャニング画像、Scatter & MA plot、
染色体ポジションマップ、Hyper/Hypomethylated遺伝子データ等をご提供致します。
【CpG Islandマイクロアレイ】
CpGアイランドのDNAメチル化状態を網羅的にプロファイリング
各CpGアイランドに複数箇所設計された長鎖プローブ搭載
● Human CpG Island 1 x244k array
Human 237,220アレイプローブは27,800のCpGアイランド領域をカバー
● Mouse CpG Island 2 x 105k array
Mouse 97,651アレイプローブは16,030のCpGアイランド領域をカバー
【価 格】
Human CpG Island 1 x 244k: ¥400,000(2色蛍光法:2サンプル/解析)
Mouse CpG Island 2 x 105k: ¥350,000(2色蛍光法:2サンプル/解析)
DNA抽出/精製:¥15,000/サンプル
メチル化DNA濃縮: ¥80,000/サンプル
【メチル化DNA濃縮ワークフロー:MBD2b使用】
【CpG Islandマイクロアレイ実験・解析ワークフロー】
メチル化DNAを増幅、ラベリング、ハイブリダイゼーション、スキャニング、データ解析を行います
*1 細胞サンプルを提供頂く場合
細胞はチューブに入れて ドライアイスで梱包/発送
細胞を送付頂き、メチル化DNAを濃縮、免疫沈降を弊社にて行います。
※メチル化DNAを濃縮、免疫沈降はオプション(別途費用)となります
*2 組織サンプルを提供頂く場合
組織片をチューブに入れて ドライアイスで梱包/発送
細胞を送付頂き、メチル化DNAを濃縮、免疫沈降を弊社にて行います。
※メチル化DNAを濃縮、免疫沈降はオプション(別途費用)となります
*3 メチル化DNA濃縮/免疫沈降
細胞または組織サンプルからMBD2bタンパクにてメチル化DNAを濃縮を行います。
抗体を用いて免疫沈降も行います。
※メチル化DNA濃縮および免疫沈降はオプション(別途費用)となります。
※抗体等はお客様よりご提供頂きます
*4 解析データ内容について
データマイニング・解析データ内容はサンプル数、お客様のアレイ実験内容・目的、
サンプル数(条件比較数、反復回数等)により異なります。
【解析データ内容について】
マイクロアレイ解析サービスにはGeneSpring GX、Workbench解析ソフトウェアによるデータ解析が含まれております
サンプルをご提供頂くだけで、マイクロアレイで得られたすべての解析結果をCDにてお届け致します
データ | データ内容 | 詳細 |
---|---|---|
QCデータ | メチル化DNA品質チェック | メチル化DNA QC |
レポート | 実験報告書、プロトコル、解析結果 | 実験・解析報告書 |
画像データ | Scanning Image | Cy3, Cy5イメージ画像 |
Scatter Plot | 分散グラフ | |
MA Plot | 正規化分散グラフ | |
Chromasom map | 染色体マップ | |
Cluster analysis(Hierarchical, k-means, SOM) | Heat map画像 | |
解析データ | Raw data | 数値化生データ |
Normalized all genes list (ノーマライズ数値データ) (ID, Gene Symbol, Annotations, Nor Ratio of Cy5/Cy3) |
全遺伝子発現データ | |
Reliable genes list (フィルタリングデータ) | Flag-out遺伝子発現データ | |
Hypermethylated/Hypomethylated genes list | 高/低メチル化遺伝子データ | |
T-test *比較/反復数によります | 統計解析 | |
ANOVA(1 or 2-way) *比較/反復数によります | 統計解析 | |
Clustering (Hierarchical, k-means, SOM)*比較/反復数によります | パターン類似遺伝子分類 |