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 -
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パイロシーケンス DNAメチル化解析サービス
ターゲット遺伝子のCpG領域DNAメチル化状態を検出し、CpGサイトを個々に定量/比率解析します。

-癌制御遺伝子の機能解析
-新規バイオマーカー探索
-早期腫瘍発見

原  理
Pyrosequencing(リアルタイムシーケンシング法)は酵素と基質試薬を使用して、ポリメラーゼ塩基
伸長反応によるルシフェラーゼ発光反応を検出することで塩基配列を解読します。伸長反応の際
に生成されるピロリン酸と発光強度が完全に比例関係にあるため高精度な定量解析を行うことが
できます。この原理により、Bisulfite処理を行ったDNAのCpGサイトのT % /C%を解読してDNAメチ
ル化比率を決定します。

概  要

DNA抽出からデータ解析までのトータルサポート

細胞・組織またはパラフィンより、DNAを抽出/精製してデータ解析まで一連の
サービス/サポートを提供致します。
ご用意いただくのは遺伝子情報とサンプルトのみ
プライマー設計、Bisulfite処理等の作業は不要! サンプルをお預かりしてから、
約3週間前後で解析データ/実験報告書を提出致します。
パイロシーケンス法による高精度/信頼性高い結果
ターゲット遺伝子のCpG領域DNAメチル化状態を検出して、CpGサイトを
個別に定量/比率解析します。
MSP, COBRA, MethyLightデータのバリデーションに最適
従来法のMSP, COBRAなどデータ比較検証を行い信頼性の高い結果を
得ることができます。
品質方針 (ISO9001:2000取得)
顧客の信頼を得る受託解析サービスの提供を心掛け品質マネジメント
システムの継続的改善と技術の向上を計り、顧客の満足を高めます。



サービス内容

ゲノムDNAまたは細胞/組織/パラフィンサンプルをを送付いただき、DNA抽出、
DNA品質チェック、In Ssilico CpGサイト検索、プライマー設計/合成、DNA-bisulfite
処理, PCR、リアルタイムシーケンス、データ解析を行います。




1.サンプル調整

ゲノムDNAの場合
DNA量 サンプル濃度 OD260/280 OD260/230
500ng 50-100ng/ul以上 1.8以上 2.0以上
推奨RNA品質
ゲノムDNA(細胞) 28s/18s>1.0, OD260/280 >2.0, OD230/260 >2.0
ゲノムDNA(組織) 28s/18s>1.0, OD260/280 >1.8, OD230/260 >2.0

※サンプルはTEバッファーまたはNuclease free waterに溶解して下さい
※サンプルは十分なドライアイスで梱包頂き発送して下さい


細胞または組織サンプルの場合
サンプル サンプル量 サンプル前処理
細 胞 1 x 106以上 TRIzol, ISOGEN
組 織 10mg以上 TRIzol, ISOGEN
パラフィン 10um厚x10切片

細胞サンプルを提供頂く場合の前処理
1. 10cmシャーレで細胞培養後、培地を捨てて、PBSで1回洗浄

2. 約1mlのTRIzolまたはISOGENを加え、ピペットでよく攪拌
3. サンプルをチューブに移して-80℃で凍結
4. サンプルを十分なドライアイスで梱包して発送

組織サンプルを提供頂く場合の前処理
1. 組織片をチューブに入れて、サンプルが完全に浸るようにTRIzol
  またはISOGENを加える
2. -80℃で凍結
3. サンプルを十分なドライアイスで梱包して発送

パラフィンサンプルを提供頂く場合の前処理
1. パラフィン切片をチューブに入れて4℃で保存
2. サンプルを保冷剤で梱包して発送



2.DNA抽出・精製
お客様から提供頂いた細胞または組織サンプルからDNAを抽出致します
※細胞または組織からのDNA抽出はオプションになります





3.DNA品質チェック

電気泳動/NanoDropを使用してDNAの品質チェックを行います
DNAのQC結果はレポートにして提出致します
レポートはOD260/280, OD260/230, 電気泳動を含みます

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※DNAの品質が規定に満たない場合、再提出いただきます。
※細胞、組織またはパラフィンサンプルからのDNA品質が上記に満たない場合、
DNAに分解が見られた場合再提出をお願いすることがあります。
※再提出サンプル分につきましては無償対応致します。




4.In Silico CpG解析/プライマー設計






5.Bisulfite処理/





6.リアルタイムシーケンス

CpGサイトを個別にメチル化状態を定量/比率解析します




7.データ解析

パイログラムデータ


CpGメチル化比率解析データ


データ内容
QCデータ DNAサンプル品質チェック DNA QC Data PDF
レポート 実験報告書、スキーム、解析結果、Materials & Methods 実験・結果報告書 PDF
解析データ Primer sequence infomation プライマー配列情報 Excel
CpG site information CpGサイト情報 Excel
Pyrogram パイログラム波形 JPEG
Methylation analysis data メチル化比率解析データ Excel


■アプリケーション
乳がん組織サンプルでのCDH13遺伝子メチル化検出


パイロシーケンスによるMSPデータのバリデーション





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